辉南生态环境优美，自然资源丰富。拥有吉林龙湾国家级自然保护区（面积15061公顷）和大椅山湿地省级自然保护区（面积4835公顷），吉林龙湾群国家森林公园被世界自然保护联盟选入首批“全球最佳管理保护地绿色名录”，授予“世界最佳自然保护地”称号，2018年入选第八批国家地质公园，2023年被评选为全国研学旅行基地（营地），2024年龙湾5A景区创建通过文旅部景观质量评定，正式进入创建序列。森林保有量12万公顷、蓄积量1350万立方米、覆盖率50.8%，东部山区森林覆盖率达90%以上。地处“九河下哨”，有大小河流70余条，其中流域面积20平方公里以上河流26条、50平方公里以上河流17条。有水库41座（中型水库3座，小Ⅰ型水库6座，小Ⅱ型水库32座），总蓄水量6000万立方米。矿产资源丰富，已探明拥有玄武岩、泥炭、铁、金等27种，列入吉林省矿产资源储量数据库6种；拥有通过水质检测的矿泉水泉眼58处、日涌泉量11.29万立方米，可开发利用优质矿泉水水源地12处。已查证有动植物1000余种，国家重点保护野生动植物50余种。